故事發生在被選召的孩子們首次接觸數碼世界的6年後。2005年的一天，東京港區海面上的波浪在朝陽下搖曳……17歲的高中生八神太一，如常地用手按停眼前的鬧鐘，踢開混亂的被鋪，低聲滴咕下伸展四肢。拉開了窗簾，光線照到桌上一幅「那一天」的集體照上。隨後他在「一路順風，哥哥」的送別聲下，騎上腳踏車出門，奔向那片初夏的青空……現在，冒險再度進化……...

为了寻找外公乔瑟夫的私生子，空条承太郎（小野大辅 配音）来到了杜王町，名为东方仗助（小野友树 配音）的高中一年级男生正是空条承太郎要寻找的人，让承太郎没有想到的是，东方仗助拥有着和自己一样的“替身”能力。　　身材矮小但拥有强大意志力的广濑康一（梶裕贵 配音），大脑一根筋但对待朋友忠诚不二的虹村亿泰（高木涉 配音），自大而又偏执的人气漫画家岸边露伴（樱井孝宏 配音），围绕在东方仗助身边的，是这些有趣...

　　2020年，网络对于如今人们的生活而言已经是不可或缺的一部分。但是，人类所不知道的是，在网络的另一面有着一个无限的世界——数码世界，以及居住在其中的数码兽……以首都圈为中心发生了大规模网络故障，乱闪的信号灯、乱码的室外屏幕……新闻上报道是网络恐怖袭击。故事的主人公是住在东京近郊高层公寓的小学五年级生八神太一。为了准备周末的夏令营而一个人留在家中，去涩谷的母亲和妹妹八神光乘上了一辆无法停止的电车...

小月的母亲生病住院了，父亲带着她与四岁的妹妹小梅到乡间的居住。她们对那里的环境都感到十分新奇，也发现了很多有趣的事情。她们遇到了很多小精灵，她们来到属于她们的环境中，看到了她们世界中很多的奇怪事物，更与一只大大胖胖的龙猫成为了朋友。龙猫与小精灵们利用他们的神奇力量，为小月与妹妹带来了很多神奇的景观，令她们大开眼界。 　　妹妹小梅常常挂念生病中的母亲，嚷着要姐姐带着她去看母亲，但小月拒绝了。小梅竟然...

　　就职于童守町小学的鵺野鸣介（置鲇龙太郎 音）虽然外表平平，实际却有着非同寻常的经历。他在小学时曾被魔物侵染，其具有灵力的女老师牺牲自己将魔物封印在鸣介的左手之中，成为名副其实的“鬼手”。鬼手如同除灵师的凭神一样，既可与灵体沟通，又能完成各种离奇的除灵工作。                    ...

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故事讲述枪法一流但好色风流的孟波，及欢喜冤家槙村香共同经营以“城市猎人”为名的私人侦探事务所。只要在新宿车站的留言板上写下“城市猎人”的委托暗号“XYZ”，他们就会考虑你的委托。这次，“城市猎人”收到视频创作者安芝的委托，委托内容居然是寻找一只逃跑的猫咪。尽管这个委托看似平凡，却隐藏了不为人知的秘密，孟波被安芝的美貌所吸引，香则为高额的报酬心动不已。两人在寻找逃跑猫咪的过程中，逐渐发现事情并不简单...

　　Ova故事是朱雀与青龙的战争结束几个月后:鬼宿在战争结束仍活在现实世界里,他与美朱和奎介到盛冈替玄武巫女扫墓时,突然间鬼宿被玄武巫女的声音引导下突然地消失了,他醒来时惊见自己已身处「红南国」……,而且还过了50年……...

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　　美朱高中毕业后与魏婚后怀孕，本应享受美好生活，但暗恋魏之女学生意外得到四神天地书，开启后进入书中，并想取代美朱成为朱雀巫女，目的是改写历史，夺去美朱的一切包括她的身份。可是这样会令美朱的胎儿及性命随时不保，知道事情的魏为了拯救美朱将再次进入四神天地书。可是当他到达里面却发现世界被一层阴霾所覆盖，昔日光彩的红南国变得黯然失色，四周都变成破瓦颓垣。黑色的朱雀和其余三方神也不停的破坏，让生灵涂炭。若...