故事發生在被選召的孩子們首次接觸數碼世界的6年後。2005年的一天，東京港區海面上的波浪在朝陽下搖曳……17歲的高中生八神太一，如常地用手按停眼前的鬧鐘，踢開混亂的被鋪，低聲滴咕下伸展四肢。拉開了窗簾，光線照到桌上一幅「那一天」的集體照上。隨後他在「一路順風，哥哥」的送別聲下，騎上腳踏車出門，奔向那片初夏的青空……現在，冒險再度進化……...

2012年2月，东京铁塔上空出现了巨大的数码蛋。就在本宫大辅（20岁）和V仔兽修行拉面技艺的时候，遇到了虽然拿着有裂纹的数码器，但身边没有搭档数码兽的迷之青年——自称“我没有数码兽，我的搭档数码兽被我杀了，我是世界上最初和数码兽建立搭档关系的人类。”...

在牧野间长大的本须和秀树（杉田智和 配音）因不甘心投报东京的大学失败，毅然决定来东京上补习学校。在东京街头，秀树发现街上随处可见人形电脑，在这个时代无比流行。他们有着和人别无二致的漂亮模样，连皮肤的触觉都很柔软。 　　穷学生秀树也很希望拥有一台但碍于其高昂的价格，只能远观。夜晚在回公寓的路上，秀树在垃圾堆里发现了少女模样的人形电脑。秀树将其扛回家，启动开关的同时也至此改变了自己的人生。苏醒的人形电...

　　黄金国王和猫眼石王后相爱结合，诞下了可爱的银公主（德光由香 配音），国王和王后实在是太喜欢这个拥有一头耀眼银发的小姑娘了，无度的宠爱着她，使得银公主养成了十二中坏习惯。武烈女王曾是蜡笔王国的第三十三代女王，她打败了死神的英勇事迹传到了银公主的耳中，使得银公主对武烈女王无比崇拜。　　一转眼，银公主十二岁了，国王和王后为了庆祝她的生日举办了盛大的宴会，然而就在当天，一位神秘的少年将国王和王后变成了...

2012年2月，东京铁塔上空出现了巨大的数码蛋。就在本宫大辅（20岁）和V仔兽修行拉面技艺的时候，遇到了虽然拿着有裂纹的数码器，但身边没有搭档数码兽的迷之青年——自称“我没有数码兽，我的搭档数码兽被我杀了，我是世界上最初和数码兽建立搭档关系的人类。”...

　　2012年2月，东京铁塔上空出现了巨大的数码蛋。就在本宫大辅（20岁）和V仔兽修行拉面技艺的时候，遇到了虽然拿着有裂纹的数码器，但身边没有搭档数码兽的迷之青年——自称“我没有数码兽，我的搭档数码兽被我杀了，我是世界上最初和数码兽建立搭档关系的人类。”...

2010年，曾经的小学生们已经步入大学，太一、阿和等人步上不同的人生道路（八神太一和石田大和将会成长为22岁），而就在此时，数码宝贝的研究者メノア(松冈茉优 配音)却告诉他们：“被选召的孩子们”长大成人后，数码宝贝也将随之消失…。预告中字幕表明这是“太一他们最后的故事” ，结尾则注明：献给所有和数码宝贝一起成长的“孩子”们，还有亚古兽注视着长大成人的太一的背影，“太一，你长大了呢”。...

世界的崩溃开始了。 　　暴走的大缅因猫兽吸收了黑暗进化的迪路兽、 　　用强大的力量进化成了秩序兽。 　　根据世界树的想法，现实世界将被数码世界所吞噬。 　　在绝望迫近的时候，被选中的孩子们拼命地向前。 　　现在太一不在了，能代替他带队的只有大 和。 　　「为了拯救世界，我们还有必须要做的事情！」 　　加布兽的话给大和带来了活力，而亚古兽则坚信太一定会回来。 　　另一方面，恒常性要处置失去控制的秩序...

2012年2月，东京铁塔上空出现了巨大的数码蛋。就在本宫大辅（20岁）和V仔兽修行拉面技艺的时候，遇到了虽然拿着有裂纹的数码器，但身边没有搭档数码兽的迷之青年——自称“我没有数码兽，我的搭档数码兽被我杀了，我是世界上最初和数码兽建立搭档关系的人类。”...

在网路上，突然出现了一只数码蛋，这只蛋破壳后，出生了一只数码宝贝，它疯狂地吞噬着整个电力网络系统，给电力网络运行造成了重大影响，而且它不断地进化，食量也越来越大。太一在开始的时候和素娜吵架了，阿和和阿武外出了，美美去玩了，阿助……只有光子郎和太一在，阿武和阿和找到了电脑来支援太一，后来那个数码宝贝又一次进化了！这时候，发生了一件意想不到的事情……...