外宇宙から現れた謎の光が地球に向けて進んでいく。その光球飛行物体が通り過ぎていった各惑星の前線基地からの通信が次々と途絶し、さらに光球飛行物体は急速に地球に接近、地球側も迎撃ミサイルで応戦するも効果はなく、地球上に悠然と降り立ったそれは、超大型ミサイルであった。そして後から地球に押し寄せて来た大艦隊の奇襲攻撃に地球艦隊は為すべも無く壊滅し、地球は瞬く間に制圧される。 暗黒星団帝国はヤマトの在処を示...

　　公元2220年，曾经为了保护地球和人类的大和号已在水瓶之海中沉睡了17年之久。而经历了较长一段和平时期的地球，却正面临最大的危机。一个代号为“小瀑布”的黑洞以极快的速度向太阳系靠近，人类赖以生存的蓝色星球行将湮灭。为了寻得一线生机，人类开始实行浩大的移民计划，借助运输船的帮助，人们分批向塞拉姆星系的阿马尔移民。然而在这一过程中，运输船被星际国家联盟的外星生命视作侵略者，继而遭到毁灭性的打击，古...